Икона середины XVII века из собрания Музея имени Андрея Рублёва относится к ранним изображениям Нила Столобенского. Он представлен стоящим на острове и молящимся Христу.

Преподобный Нил Столобенский жил в начале XVI века. Желая вести отшельнический образ жизни, он поселился на острове Столобном на озере Селигер. По преданию, подвижник никогда не ложился, а спал стоя, опираясь на вбитые в стену крюки. Перед смертью он сам выкопал себе могилу и вытесал гроб. По его завещанию, на месте его кельи был основан монастырь, посвященный Богоявлению Господню, получивший известность как Нило-Столобенская пустынь.

Основные сведения о жизни и служении Нила Столобенского представлены в посвященных ему агиографических произведениях. Авторами его древнейшего Жития считаются устроитель Ниловой Столобенской пустыни преподобный Герман и инок Филофей (Пирогов) из Герасимовой мужской пустыни на Кайсаровом ручье в Вологде. Эта редакция Жития отличалась наличием пространного предисловия, рассказывающего об истории его создания.

Герман намеревался отдать собранные сведения о Ниле Столобенском более опытному и талантливому духовному писателю. От клирика Рафаила, пришедшего на остров Столобный, Герман узнал о «святом и преподобном муже именем Филофее Пирогове, во обители Живоначальныя Троица Герасимовы пустыни», которому передал свои записи тем же клириком.

Таким образом, Житие святого было написано в XVI веке и сохранилось до наших дней в более позднем списке, в составе Миней-четьих 1630-х годов из собрания Троице-Сергиевой Лавры. Оно включает рассказы о приходе преподобного Германа на остров Столобный и о строительстве Ниловой Столобенской пустыни, о преставлении Нила и посмертных чудесах у его могилы. В основном это чудеса исцеления жителей Осташковских слобод и окрестных селений.

Монастырь был одним из самых посещаемых паломнических мест в России. В советское время монастырь был закрыт. В 1990 году комплекс Нило-Столобенской пустыни был передан Русской православной церкви. В 2017 году состоялось торжественное празднование 350-летия обретения мощей преподобного Нила и 25-летия возрождения монастыря.

Сохранилось большое количество икон и резных скульптур преподобного, создававшихся для паломников и посетителей обители в монастырских мастерских. На иконах Нил Столобенский обычно изображен на фоне обители и пустынного острова или архитектурного ансамбля монастыря Ниловой пустыни, позднее на облаке или дальнем берегу озера Селигер.