Параллельно с изучением двукрылых исследовали клещей. Клещей собирали с кустов, лошадей и коров, с собак, с себя. Сразу начали эксперимент: выловленных клещей пустили кормиться на белых мышей. Но чистоплотные животные их съедали. Тогда мышей привязывали на несколько часов, но клещ кормится до пяти дней, так надолго обездвижить мышь невозможно, они погибнут. 

Попробовали посадить мышь в маленькую клетку, чтобы она не могли умываться. Не получилось. В итоге, для чистоты эксперимента, мышам пришлось изготовить целлулоидные воротнички. Через 10 дней мышь заболела. Вздыбилась шерсть, и отнялись задние лапки. Это была удача — нашлись естественно-заражённые клещи.

На пятые сутки мышь подохла. Её растертый мозг, разведенный физраствором, был впрыснут здоровым мышам. И они заболели и погибли. Тридцать пять раз вводили эмульсию, чтобы проверить правильность пути, доказать, что животные гибнут именно от энцефалита, а не от случайности или другого заболевания.

Затем мышей одну стали заражать от мозга умершей мыши, другую эмульсией от мозга умершего человека. Течение болезни и гибели мышей совпали. Таким образом, эксперимент подтвердил роль клещей в передаче заболевания.

10 июня 1937 года в Хабаровске было созвано специальное совещание органов здравоохранения Дальневосточного края. Л. Зильбер утверждал, что новое заболевание передаётся через укусы клеща и предложил сосредоточить силы на профилактике. Если исключить контакт с клещами, утверждал профессор, то отпадет и возможность заражения. Как это сделать? Нужно защищать тело от наползания клещей, почаще осматриваться и снимать их, поскольку, к счастью, клещи долго ищут место для присасывания, уступают комарам, которые кусают без промедления. В этот же день на совещании с ОКДВА Л. Зильбер повторил свои выводы маршалу В.К. Блюхеру. Последовал приказ «о ежедневном тщательном осмотре военнослужащими друг друга».

В качестве предупредительной меры перед прохождением рабочей партии вперед по маршруту прогоняли коров.