Подклет — цокольный этаж Покровского собора, выполняющий роль несущего основания для расположенных выше девяти церквей основного ансамбля. Помещения подклета отличаются небольшими размерами и массивными стенами (до 3,5 м). В богослужебной жизни эти пространства не участвовали, использовались преимущественно как хранилища и кладовые. Лишь на рубеже XIX–XX вв. примыкающая к паперти церкви святого Василия Блаженного северная часть подклета была открыта для верующих, после чего помещение украсили настенные росписи и иконостасы. Здесь появилось символическое родословное древо, у корней которого стояли московский митрополит Петр и князь Иван Данилович (Иван Калита), а в левом углу — блаженные Василий и Иоанн, приделы во имя которых пристроены к Покровскому собору в 1588 и 1672 годах соответственно. В ходе музеефикации позднее убранство было удалено. С 1936 г. после ряда временных выставок здесь размещалась ставшая в дальнейшем частью постоянной экспозиции выставка «Казанский поход Ивана IV Грозного 1552 г.».