Родился 18 ноября 1924 года в селе Верхососна, ныне Красногвардейского района Белгородской области, в крестьянской семье. Окончив пять классов школы начал трудиться. Сначала пас скот односельчан, затем работал в колхозе.

В феврале 1943 года, после освобождения Будённовского, ныне Красногвардейского, района от немецко-фашистских захватчиков, призван Будённовским Районный Военный Коммисариатом в ряды Красной Армии. С этого же времени в боях Великой Отечественной войны, сражался на центральном и 2-м Белорусском фронтах. Был ранен.

27 сентября 1943 года командир пулемётного расчёта 985-го стрелкового полка младший сержант М.С. Котов одним из первых форсировал Днепр в районе села Толокунская Рудня Вышгородского района Киевской области, пулемётным огнём отражал контратаки противника, уничтожив десятки гитлеровцев. Вот что писал о действиях Михаила Котова в наградном листе командир 985-го стрелкового полка майор Халецкий: «Когда противник перешел в контратаку на наши подразделения, храбрый воин не дрогнул. Четко и бесперебойно работал его пулемёт. Подпустив врага на 150-200 метров, Михаил Котов расстреливал его в упор. Вражеская пуля пробила кожух пулемёта, и он умолк. Котов открыл огонь из автомата. Когда кончились патроны, отважный пулемётчик пустил в ход гранаты. Раненый, продолжал сражаться, пока не подошло подкрепление. 75 вражеских солдат и офицеров уничтожил в этом бою Михаил Котов, не дав возможности немцам окружить подразделения».

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 17 октября 1943 года за успешное форсирование реки Днепр севернее Киева, прочное закрепление плацдарма на Западном берегу реки Днепр и проявленные при этом отвагу и геройство младшему сержанту Котову Михаилу Семёновичу присвоено звание Героя Советского Союза.

В апреле 1944 года младший сержант Михаил Семёнович Котов погиб при выполнении боевого задания.