В феврале 1897 года Владимиру Ильичу был объявлен приговор — ссылка в село Шушенское. Перед отъездом в Сибирь он передал письмо для Надежды Константиновны в котором признавался ей в любви.

Обустроившись на новом месте, Владимир Ильич попросил сестру передать Надежде «поклон от меня» и прислать фотографию в «обмен на мою». А позже послал Надежде Константиновне большое письмо, в котором звал её к себе, просил стать его женой. «Ну что ж, женой так женой», — ответила Крупская. 

После заключения она должна была отбыть три года ссылки в Уфе, но департамент полиции разрешил Крупской проживание в Шушенском только при условии немедленного оформления брака.

Сборы заняли почти год. 7 мая 1898 года Надежда Константиновна вместе с Елизаветой Васильевной приехали на новое место жительства. «В Шушенское, где жил Владимир Ильич мы приехали в сумерки; Владимир Ильич был на охоте. Мы выгрузились, нас провели в избу. В Сибири — в Минусинске — крестьяне очень чисто живут. Полы устланы пестрыми самоткаными дорожками, стены чисто выбелены и украшены пихтой».

От Петербурга до Шушенского почти шесть тысяч верст. Дорога была трудной, везли с собой и хозяйственные вещи, и теплую одежду, и книги, набор ювелирных инструментов (два пуда весом!) для финского рабочего Оскара Энгберга, тоже отбывавшего ссылку в Шушенском. В подарок будущему мужу Крупская везла керосиновую лампу с зеленым абажуром. «Всю длинную дорогу я бережно держала ее на коленях», — вспоминала она.

10 июля 1898 года они обвенчались. Надежда Константиновна никогда не пыталась казаться идеальной хозяйкой, но была хорошим организатором — нашла другую квартиру, организовала переезд, выгородила для Ильича кабинет, заказала мебель. Она иронизировала по поводу того, как «воевала с русской печкой». «Вначале случалось, что я опрокидывала ухватом суп с клецками, которые рассыпались по исподу. В октябре появилась помощница, тринадцатилетняя Паша, худющая, с острыми локтями, живо прибравшая к рукам все хозяйство». 

Надежда Константиновна целыми днями занималась перепиской и переводами. Ленин работал над книгой «Развитие капитализма в России» (1899). Вместе они переводили социологический труд Сиднея и Беатрисы Вебб «Теория и практика английского трейд-юнионизма».

В ссылке Надежда Константиновна стала профессиональной шифровальщицей, в совершенстве вела нелегальную переписку. Благодаря её титанической работе впоследствии был создан уникальный архив — источник по истории коммунистической партии.

Время, проведенное в ссылке, Крупская вспоминала с нежностью: «Мы ведь молодожены были, — скрашивало это ссылку. То, что я не пишу об этом в воспоминаниях, вовсе не значит, что не было в нашей жизни ни поэзии, ни молодой страсти». 

Еще год ссылки Надежде Константиновне предстояло провести в Уфе. Здесь, несмотря на полицейский надзор, Крупская продолжила вести занятия в рабочих кружках. Глубокие марксистские знания и навыки конспирации, выдвинули здесь Крупскую в число наиболее авторитетных местных социал-демократов. Живя в Уфе, она изучала языки: французский — на разговорных курсах, немецкий — у частного преподавателя. «К немцу хожу и пишу ему сочинения по 10 страниц… читаю немецкую беллетристику», — писала она М. И. Ульяновой. Польским языком овладевала самостоятельно. Немало времени, по шесть часов в день, отнимали уроки, необходимые для заработка: «…У меня два урока со славными ребятишками, — сообщала она Марии Александровне. — Я, вообще-то говоря, очень люблю заниматься с детьми». 

Владимир Ильич и Надежда Константиновна тяжело переносили разлуку. «Солнце светит как-то радостно, по-весеннему, — писала она из Уфы 2 февраля 1901 года Мари Ильиничне, — а я о весне мечтаю, нет-нет, и возвращаюсь к мысли: полтора месяца, а там… там я вовсе поглупею от радости, особенно, когда допутешествую до Володи» Через 10 дней ей же: «Остался один месяц. Не правда ли чудесно? А когда-нибудь будет один день! Да, все будет».

Считала время не только Надежда Константиновна. «Жену свою жду еще нескоро, — сокрушенно пишет Владимир Ильич П.Б. Аксельроду, — её срок только в воскресенье кончается, да затем ей необходимо кое-куда заехать, так что раньше второй половины апреля она вряд ли может быть».

Срок ссылки Крупской кончился 11 марта 1901 года, и, как только смогла, она выехала в Москву.

Надежда Константиновна Крупская : биография / Г.Д. Обичкин, С.У. Манбекова, В.Н. Степанов и др. — 2-е изд., перераб. — Москва: Политиздат, 1988. — 303 с.

Эта книга — научная биография Н.К. Крупской. Цель её — последовательно осветить жизнь Н.К. Крупской, её партийную и государственную деятельность. Авторский коллектив провел огромную работу по изучению документов и литературного наследия Н.К. Крупской.