В 1978 году, когда городу Междуреченску исполнилось 18 лет, бюро ГК КПСС и исполком городского Совета народных депутатов совместным постановлением приняли решение создать краеведческий музей. Торжественное открытие состоялось 25 июня 1980 года при Доме пионеров. В 1995 году бывшее помещение Дома пионеров было полностью передано музею.
Начался ремонт и оформление экспозиционных залов. С 2000 по 2004 год последовательно открылись залы «Боевой славы», «Социальной сферы», «Строительства и промышленности», «Этнографии и геологии», а также гостиная, гардероб, вестибюль и выход на проспект.
В 2013 году в отдельном помещении по адресу ул. Комарова, д. 1 состоялось открытие зала «Воинской славы», и вся экспозиция зала «Боевой славы» переместилась в новое помещение, а освободившееся место заняла экспозиция «Русская изба».
Основные направления в деятельности музея — развитие краеведения как особой формы научно-познавательной и просветительской деятельности; выставочная деятельность: различные тематические, в том числе передвижные выставки, совместные выставки с коллекционерами и мастерами; экспозиционная, экскурсионная, туристическая, издательская деятельности.
Музей ежегодно успешно участвует в проектной деятельности, неоднократный победитель грантов различного уровня.