Окраска мориона связана с тем, что в нём, помимо имеющихся, как и в дымчатом кварце, Аl-центров, присутствуют еще два дырочных и два электронных центра, связанных с различными кислородными и кремниевыми вакансиями и дивакансиями. 

Для кристаллов мориона из полостей гранитных пегматитов ряда месторождений обычны постепенные переходы от собственно мориона к дымчатому кварцу (устар. раухтопаз) и даже к золотистому цитрину (тёмные внутри с более светлыми зонами снаружи).

 
Широкие у основания и сужающиеся к головке обелисковидные кристаллы могут иметь иную зональную окраску, когда в ядре находится полупрозрачный молочный или бесцветный кварц, на который последовательно нарастали дымчатый кварц, цитрин и в последнюю очередь морион. Границы между окрашенными зонами могут быть резкими или постепенными, еле заметными глазу.