Няганский городской краеведческий музей создан на основании распоряжения главы местного самоуправления города Нягани Е. И. Делова от 6 июля 1999 г. «Об открытии музея».
Открыть музей планировалось в 2000 году — к 15-летию города. Музей создавался буквально на пустом месте, без здания и фондовых коллекций, без штата специалистов.
В предельно сжатые сроки (за один год) была поставлена задача сформировать фонды, параллельно начались работы по переоборудованию здания бывшего магазина под музей.
Первыми поступлениями, ставшими основой музейного собрания, были археологические коллекции с поселенческо-погребального комплекса на р. Ендырь (Октябрьский район), переданные сотрудниками Института истории и археологии УрО РАН и НПМП «Волот» С. Ф. Кокшаровым и А. П. Зыковым.
В дальнейшем, благодаря традиционным формам сбора экспонатов (экспедициям, дворовым обходам, обращения к населению и т. д.), задача была решена. К официальному открытию музея его фонды насчитывали более 5000 экспонатов.
Необходимо было сделать следующий шаг — найти научно-художественное решение экспозиционного ряда и эстетического оформления залов.
С этой задачей успешно справилась группа «Артефактум» под руководством Ю. В. Калмыкова, работающая в составе НПМП «Волот». За пару месяцев напряжённой работы она превратила пустующее помещение в маленькое произведение искусства.
1 сентября 2000 года городской краеведческий музей принял своих первых посетителей в стационарной экспозиции «Из глубины веков».
На основании постановления главы муниципального образования от 28.12.02. музей получил статус юридического лица и наименование муниципальное учреждение «Музейно-культурный центр», в состав которого вошёл Центр прикладного творчества и ремёсел.
В 2009 г. «Центр прикладного творчества и ремесел» был переименован в «Центр малочисленных народов Севера» и переехал в новое современное здание.
На основании постановления Главы Администрации города А. В. Рыженкова от 24.12.2008. музей получил новое наименование — муниципальное автономное учреждение муниципального образования г. Нягань «Музейно-культурный центр».
На сегодняшний день фонды Музейно-культурного центра насчитывают более 17 000 экспонатов, включая этнографические, палеонтологические, предметы быта коренных народов Югры, исторические предметы представляющие разные периоды истории города Нягани.
Основная экспозиция музея «Из глубины веков» состоит из нескольких разделов: палеонтология, археология, этнография, история города. Выставка рассказывает историю земли, на которой стоит город Нягань, с пермского периода (например, в палеонтологическом разделе выставлены окаменелые остатки морских обитателей, найденные на территории города) и до нынешних дней (дополнительно — фотоархив «История г. Нягани»). Отдельного упоминания заслуживают макет «сибирской Трои» — Эмдера, столицы Эмдерского княжества, и макет Свято-Троицкой церкви Кодского монастыря — миссионерского центра Сибири.
Кроме постоянно действующей экспозиции Музкйно-культурный центр проводит выставки и мероприятия приуроченные к памятным датам и событиям, связанным, как с историей города, там и страны в целом.
Учреждение занимается научно-практической деятельностью, экспозиционно-выставочной, экскурсионной, краеведческой и культурно-просветительской деятельностью, осуществляет работу с региональными и федеральными музеями, а так же частными коллекциями.
В год Музейно-культурный центр посещает около двух тысяч человек, включая горожан и гостей Нягани и Ханты-Мансийского автономного округа.
