Ленский историко-краеведческий музей был открыт 27 августа 1977 года и в нем, изначально было всего два отдела: исторический и отдел природы, которые насчитывали 1230 экспонатов и документов. В них были представлены флора и фауна района, геология и полезные ископаемые, предметы быта и утвари, нумизматический материал. С увеличением объема экспонируемых предметов, с необходимостью увеличения представляемых выставок встал вопрос о расширении и модернизации выставочных залов.
В 1988 году музей был закрыт на ремонт, но то было сложное экономическое время, и ремонт затянулся на девять лет. Все это время, в закрытом для посетителей музее, велась работа пополнению музейных коллекций, собирались архивные документы, велась переписка и обмен опытом с другими музеями страны. Обновленный музей был открыт для посетителей, мероприятий и экскурсий 1 апреля 1997 года.
Наводнение 2001 года в Ленске почти уничтожило годами накапливающиеся фонды. Музей был затоплен полностью. Сотрудники скрупулёзно реанимировали музейные экспонаты: предметы, чудом уцелевшие документы, фотографии и т. д. Работать приходилось по четырнадцать часов в сутки. Важно было сохранить культурно — исторические ценности для будущих поколений. Буквально за несколько месяцев всё было восстановлено. К зиме музей вновь принял своих посетителей.
В 2011 году, по решению главы МО «Ленский район» С.И. Высоких и начальника МКУ «Ленское районное управление культуры» С.П. Кударь музей был переведён в более просторное здание после проведения в нем капитального ремонта.
Торжественное открытие по новому адресу состоялось в 2013 году. В обновленном музее расположилось десять залов: Зал образования земли, Зал якутской и эвенкийской культуры и быта, Зал флоры и фауны Ленского района, Зал русской культуры и быта, два Зала Боевой и трудовой славы, Зал современного развития района. Для проведения массовых мероприятий появились залы: Выставочный, конференц-зал и зал для мероприятий и кружковой работы.
Помимо экскурсий и работы по постоянному пополнению фонда на базе Ленского историко-краеведческого музея реализуется проект, ориентированные на возрождение традиционного женского рукоделия — мастерская прикладного творчества «Параскева». Также в музее есть Отдел военной истории, занимающийся сбором и хранением материалов об участниках военных действий и патриотической работой с молодежью.
Музей обновляется, стараясь идти в ногу со временем. Приобретаются современные технические средства и музейное оборудование для оснащения залов в рамках национальных проектов. Технически совершенствуясь, музей демонстрирует посетителям свои новые и интересные экспозиции, включая объекты нематериального наследия.
Сегодня трудно представить себе образовательную, социальную или культурную составляющую жизни человека без музейного компонента. Ленский историко-краеведческий музей как инструмент хранения историко-культурного наследия обладает достаточным образовательным потенциалом и предоставляет посетителям возможность ознакомится с историей и культурой района и города, используя самые современные средства.